前三二七年春，中亞地區已經在馬其頓軍隊掌控之下，亞歷山大將視線轉向南方的印度。古典時代的「印度」這個地理名詞，其實包含今日的巴基斯坦，基本上等於整個南亞次大陸。征服印度河流域意味著波斯最後的疆土最終落入馬其頓手上。前三二六年，亞歷山大的軍隊遭遇印度西部國王波羅斯，並爆發了希達斯皮斯河戰役。

在希臘史學家西西里的狄奧多羅斯 所著的《史學全集》中有記載：亞歷山大攻入波斯波利斯之後，他允許部將進行慘烈的屠城。和亞歷山大之前寬大處理投降的其他波斯城市做法不同，今次城內的波斯人遠遠沒有那麼幸運。波斯波利斯的男人被屠殺、女人被賣為奴隸，無數私人收藏的珍寶被掠奪一空。

西元前三三二年，亞歷山大繼續向南進軍敘利亞以及地中海東岸的腓尼基。在腓尼基的提爾，四萬居民得聞訊希臘聯軍逼近，女人跟小孩紛紛棄城逃到他們在北非的殖民地迦太基，而選擇留下的人則逃到海上一座距岸邊一公里的島上。